Práctica 2

Práctica Procariotas
Esta va a ser una práctica muy sencilla donde vamos a usar herramientas para identificar secuencias codificantes en un fragmento de ADN extraido de una nueva especie bacteriana relacionada con el género Streptomyces. Al igual que en las aplicaciones destinadas a predecir la estructura de un gen eucariota, las herramientas para identificar genes en bacterias pueden basarse en diferentes propiedades. En este ejemplo usaremos un servidor que analiza el contenido en G+C de la 3 base y combina esa medida con la predicción de fases abiertas de lectura y la búsqueda de secuencias similares con BLAST
Sequencia
>Str GAATTCCACGGACTGCTGTATATTCAGCTCGCCGGCAACCGCATGCTGGAGCACCTCTAA GGCATCGTCTCCGCCGCCCTCCAGACATCCAGCGGCCCGGCCACCGGCTGCGACCGGCCC AACGAGACCTCTCTCGCACACCACCAACGCCCAATCGACACCCTCGCCGAGGGCGACGGC GCCGCCACAGAGCACGCCATGAAGCAGCTCCTGACCGCCAGACCCGAGGTGGAGCGGGTC GTCCCCGGACCGCGCGAGCAGCACGAACCCTCGCGGCCCACGGCGCGCCCTCCGCCGCCT TCCGGTCCGCCGTAACTGCTGCCCCCCGTCCTGCCGGCCACCCCGCGGATCCCGCGAGCG GGGAGGCCGGCGATTGCCGCGGCCCGGCCACCCGCCCCGGACGCCCCCGCACCGGGAGCC GACCCGGGGAAACGTTCCCTCCCGCCCGCCCGGGCGACACGAAACCCCCTGTCGGCCCGA GCAAGCCCGCCGCTAGGGGCCGCCATGTTTGCCGCCCGGGCGCGTATGCGCCGTAGCGCG TAAGAGGAACGTGGGCGCGTAAGGGGAAGGTCAAGGAAGGTATGCGTCGCACCGGACGGA GCCGGAGTACGGTCGGACACCCCGGTGGCTCCTTGCCGCAGCGGGCCGTACCGCGCACCG TGCTCGGGGCTCCCCGTGACCGGAGTCCGGGCCTCCGGAGCTTCACGGCATCTTTATGTC GCCCTCTGTAGACGCGGGTCGGAGAATTTTGACCGATATAGGGGTGTGACTCGGGCCACG CACATTGGGCGTAACGCTCGACCGGGCAGCGCGATGACCTAAGAGGTGCCCATAGAAGAG GGAATGCGGTCGTCGTTCGTGGCGCTGTACCCCCTCAATGCCGGTCCCGCAACGTCCCCG GTCCAATCCCAGCCGTGGGTCGTCGGCTCCCGTCCTTCACCCAGGACAGGGGCCGGAAGC CGTTATTCAACGTTCCGAGAGGTTGTTCGTGTCGGCCAGCACATCCCGTACGCTCCCGCC GGAGATCGCCGAGTCCCAGTCTGTGATGGCGCTGATTCCGCGGGGAAAGGCTGATGGGAT GATCGCCGGCGACGACGTGCGAAGGGCCTTCGAAGCTGACCAGATATACCCGGCGCATCA GTGTCTGAAGAACGTTCTGCGCAGCCTCAATCAGATCCTCGAGGAAGAGGGTGTGACGCT GATGGTCAGGTGGGCGGAGCCCAAGCGCACCCGAAAGAGCGTCGCAGCAATGAGCCCGGC GAAGCGTCTCGCCACCACCAGGACCATGGTGGCCGCCAAGGCGGCCCCGGTGAAGAAGAG CGCCCCCGCGGCCGCGCCCACGGACGAGGAGTCCGAACAGCCCGTGAAGAAGGCCGCGGC CAAGAACGTCACCGCCAAGAAGACGGCGAAGAAGGCGACGGCGAAGAAGACCGCCGCCAA GAAGACCGCGGCCAAGAACGTCGTCGACGAGCTGCTCGACGACGAGGCCGAGGAGAAGCC CATCACCGGCAAGCCGGGCGAGGAAGGCGCGCCCGAGGGAACCGGCGGCGAGAGCCAGGG CTTCGTTAGGTCCGACGACGACGAGGACCTCGCGCCCGCCCATTCGGTCGCGGCCGCCGG TGCCACCGCCGACCCGGTCAAGGACTACCTCAAGCAGATCGGCAAGGTCCCCCTCCTCAA CGCCGAGCAGGAGGTCGAACTCGCCAAGCGCATTTCGGCCGGCCTCTTCGCCGAGGACAA GCTCGCCAACGCCGACAAGATCGCCCCCAAGCTCAAGTGCGAGCTAGAGATCATCGCCGA GGACGGCCGCCGCGCCAAGAACCACCTATTGGAGGCCAACCTCCGCCTCGTGGTCTCGCT GGCCAAGCGCTACACCGGCCGCGGGTTCATGCTCTTCCTGGACCTGATCCAGGAGGGCAA CCTCGGTCTGATCCGCGCGGTCGAGAAGTTCGACTACACCAAGGGCCGCAAGTTCTCCAC GTACCACACCTGGTGGATCCGGCAGGCGATCAACACCCGCGCCATGGCCGACCAGGCCCG CACCATCCGTATCCCGGTGCACATGGTCGACTCGGTCATCAACAAAAGGGCCCGCGTGAC GCGTCAGATGCTCCAGGACCTGGGCCGCGAGCCCACCCCGGAGGAGCTGGCCAAGGAACT CGACATGACCCCCGAGAAGGTCATCGAGAGGGCGAAGTACGGCCGCGAGCCCATCTCCCT GCACACCCCGCGCGGCGAGGAGGCCGGGGCCGACAGCGAGTTACGTGACCTCATCGAGGA CTCCGAGGCGGTCGTCCCCCCCGACGCGGTCTCCTTCACGCTCCTCCAGGAGCAGCTGCA CTCCGTCCTCGACACGCTCTCCGAGCGTGAGGCGGGCGTGGTCTCGATGCGGTTCGGTCT CACCGACGGTCAGCCGAAGACCCTCGACGAGATCGGCAAGGTGTCCGGGGTGACGCGTGA GCGCATCCGCCAGATCGAGTCGAAGACCATGTCGAAGTTGCGCCACCCGTCCCGCTCGCA GGTCCTGACCGACTACCTCGACTAGGACCCGCTCCGCTCCGGGGAACTCCGGGAAAGGGG CCTTCGCAGTCCACTCGCACGGGTGGAGGCTTAAGGCCCCTTGAATCGCCGTCCGGGGGC CCGCGCCTCGCACGGACGGCGGCCGGGCGCACCTCCGTGCGGTTTCGGGCACTCCGTGTT GGGCCAGTCGTGGCGCCGAACGTGGTACTCGGGGCCCCGCCGTGGATCACTCTGGGTGCG TAACAGAACGCCGGGAGTGAGCAGAGAAGATGCCAAGTCGATGGAACCGAAGCGGCCGGG CCGGGCTGGTCGCGGCCGTGGCCGTCCTGGCGGCCCCTCTGTCGGGTCCCGCCCCGGCGG CGGCCGACAGCGTCGTGGTCGGCGGCAGCCTCGCCAGCGTCGACGACCACCCGTGGGTCG TCGCCCTCGGCAGCCGCGACCGGTTCGGCATCAGCGAGCGCTCCGGCCAGTTCTGCGATG GGGTGGTCGTCGGCGAGCGGACGGTGCTGACATCCGCGCACTGCGTGGACGAGGAGGTGC TCGGGGTCGCCCTCTCCCCAATCCCCGCAATGCGGGTGATCTCCGGCCGCGACGACCTGC GCTCCTCGGGGAAGGCTGGGGAGACCGCCGTCAGCGGTGTCCGGGACAACCCGGGGTACG ACCCGGCCACCAACGCGGGTGACCTCGCCACGCTGACCCTCGCCGAGTCGCTGCCCGGGC CGGCGGTGCTGCCCGTGGCCCGTCCGGGCAGTGCCGAGGAGAAGCCGGGCAGCAAGGATC CCGTCATCGGCTGGGGCGACACGACCGGTAACGGAACGTACTGGCCCAGGCGGAGGTCCG TCGGGGTGACGGTGCTGGAGGACGCCACCTGCCGCCGCGCCTACCCGGGCAGCTCGGTCG GCCGGTGCTAGGCGGAGACCATGCTCTTCTCCGGTGACGCACGCGGCGGCCGGGACGCCT GCCAGGGGGGCCGCGGCGGCCCGCTGGTGGCCGTAAGGTGCATCCTGATCGGCCTGGTCT CGTGGGGCAGCGGCTATCGCGGGCGGGCCAGCAGTCCGGGCGTCTACACCCGGGTCTCCG CGGTCGCTCCGTTTTCACGCGAGAGCGCCTGGAGGGTGTTCGGAAGGCGCCTGAAGCGCT GAAGGCGCTGGAAGGGCGTCGTGGCCGACAGCATATCCGACTTCGGCCAACCTGGCGGCC CGCTCGCCCGCTGCCGCGCAGGGGGCTCCAAACGCCCCCGGAAACCGAAACGGGCCTCCT TCCCGCATTTGGGGCGGGGAGGAGGCCCGTACTCCGGTTAAAGGACCGGTGCCGGCTCGT CGGGTTGATGGGTGCGAAGCGTCAGCGCTCGTCCTCGGCCGTGGCCGGGGTCGCAATCAG CCGCTCGGACTCATCCTGTATCTCAGCGGCGATCTTCTTGAGTTCCGGCTCGAACTTGCG GCCGTGCTAATCGGCGCAGAAGAGCAGTTCACCACCGCTCATGGACACGACGCGCAGGTA GGCCTGGGCGCCGCAGCGGTCACAGCGGTCAGCGGCCGTCAGGGGGGTCGCGGGGGTGAA AACAGTAGTCACGTCGCCCCCTCTCTAGCTCGACGAGCTGTCTGACCAGGGTCAACATCC AACCAGGCCGAAAACGTTTACGCTCGCGGCATTTCCTCGAAAAGATCTTCCGGGGAGGCC GGGTGCTACCGGTTTGGCGGCGAATGTGCCGTGTGGACTGTTGACGCTGTCACGTCATCG GGTCCGGTCCCCCTCACCGGCTGGCTTGCCGGGGTGTTGAAGAGGACGTGCCCGGAGCCT AAATGGTTCATGCCCGGAAGGGAACGTGACATCTGTTTCACCCCATCGAGGGATCGAACG TCTGTACGGCTCTGGACTACGGTGGGTTTGAGCCGAGGGTGGCGTTACATCGGCTCTACC TGGCCTCGGTACCCTCTGAGCGGCGACCGTGACCCAGGTCCCCGATCCCGTGGACCACCA TCAGAATTC
Pasos:
Vamos a FramePlot Insertamos la secuencia que que aparece arriba marcada como Str y hacemos click en Cookin'. Tras unos instantes aparecerá el resultado (como este), en el que aparecen, en forma gráfica, los codones de iniciación y terminación, las fases abiertas de lectura en las seis fases posibles, el contenido en G+C de la tercera base representado en forma de tres líneas, y la misma información en forma de texto. ¿Que se concluye al observar el gráfico? ¿Cual es el ORF mas probable ? ¿Por qué la representación del contenido G+C se representa sólo en tres líneas? En el gráfico pinchamos sobre la linea que corresponde al ORF mas probable Tras el proceso anterior se abrira una ventana en la que aparecen las secuencias de DNA y proteinas del ORF seleccionado y la opción de lanzar un BLAST con ellos. Lanzamos el blast y nos llegará un resultado como este. Repetimos los dos pasos anteriores esta vez seleccionando un ORF con poco contenido en G+C en su tercera base. Un posible resultado, dependiendo de la ORF que escojais, sería éste. ¿Hay mucha diferencia entre los dos resultados de BLAST?

Manuel José Gómez Rodriguez y Ramón A-Allende