Proteína FtsZ de METHANOCOCCUS JANNASCHII (1fsz.pdb): un ejemplo de uso de "BcolorPDB"

• Descarga:
 
• Archivo de coordenadas: <1fsz..pdb>
• Entrada de la base de datos HSSP : <1fsz.hssp> (se puede obtener usando SRS)
 
• perl script "BcolorPDB":
• BcolorPDB

 
• Uso de BcolorPDB:

 
This script adds new values to the b-value ("temperature") column of a PDB structure file.
It allows representation of residues coloured according to conservation,  accessibility, protein interaction site prediction values, etc.

Usage: "BcolorPDB  pdb_orig_file  b-values_file > pdb_dest_file"
Help: "BcolorPDB -h"

 pdb_orig_file: PDB structure to be "coloured"
 pdb_dest_file: name of destination file
 b-values_file: file containing the "new" b-values

 The structure of the "b-values_file" must be:

    124     7.9
    125     8
    131     3.4
    132     1
     .       .
     .       .

 where the 1st column indicates the residue number and the 2nd one contains the associated new "b-values".
 


 
• Un ejemplo de uso:
 
• Descargar los archivo 1fsz.pdb y 1fsz.hssp.
 
• Obtener los valores de conservación de cada residuo de la estructura 3D a partir del archivo hssp
• (Por si hay algún problema con lo editores, se puede descargar de: <1fsz_conserv.txt>

 
• Correr el script de la forma:
$ BcolorPDB 1fsz.pdb 1fsz_conserv.txt > 1fsz_2.pdb
 
• Interpretar el resultado en función del sitio de unión del nucleótido.
 
• Interpretarlo en función del siguiente modelo de dimerización de FtsZ:  <1fsz_model_dimer.pdb>
(colorear tambiéneste último archivo por conservación)
Resultados: <1fsz_2.pdb>  <1fsz_model_dimer_2.pdb>