Prácticas de Análisis de Secuencias

Luis Sánchez Pulido, Manuel J. Gómez, Federico Abascal

Guía para realizar estas prácticas:

1a) Terminar las prácticas de Bases de Datos y Alineamiento de secuencias.

1b) Terminar las prácticas de Motivos y Dominios, y Familias de proteínas.

-Objetivos: todos los alumnos deben ser capaces de acceder a información en las bases de datos del NCBI y SRS, y usar y entender las aplicaciones y / o servidores de BLAST, Clustal, Belvu, PsiBLAST, Prosite, Pfam y COGs.

2) Realización del estudio de una proteína (caso 1 o caso 2) por equipos.

-Objetivos: tratar de averiguar lo máximo posible acerca de una proteína de modo que se pueda proponer una hipótesis acerca de su función, utilizando las herramientas de análisis de secuencias mencionadas arriba.
-Cada alumno (de forma individual) tendrá que redactar una memoria razonada acerca del análisis realizado: qué pasos se han seguido, por qué,... (de 1 o 2 páginas -¡no más!-), que contará de cara a la calificación final del curso. Se podrá entregar impresa o por correo electrónico.
Fecha de entrega: 21 de Julio (Miércoles).
-Lo importante, de todas maneras, es que el esfuerzo sirva para organizar de una forma lógica lo que sabeis.

1) Continuación de las prácticas de Bases de Datos y Alineamiento de Secuencias

2) Continuación de las prácticas de Familias de Proteinas, y Motivos y Dominios.

3) Análisis de una secuencia problema:

Caso 1:

Hemos clonado y secuenciado un trozo del genoma de Escherichia coli que creemos
que puede tener algún gen interesante. La secuencia es:

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¿Contiene algún gen? (BLAST, orfind, ...) Si es así, determina la secuencia de aminoácidos
correspondiente e intenta predecir la función de la proteína usando las
herramientas que ya conocemos.

Caso 2:

Escherichia coli

Intenta predecir la función de la proteína

Algunos consejos generales (para los dos casos):
Buscad homólogos de función conocida,
averiguad si se conoce la estructura 3D de la proteína,
estudiad la distribución filogenética del gen,
la organización de dominios,
leed bibliografía...
En último término (si los homólogos no os dan información) podéis utilizar servidores como el de COGs y STRING. ¿Por qué pueden resultar útiles?