Conceptos que hay que tener claros:

• ¿Qué es un homólogo? ¿Qué diferenciaf hay entre "parecido" y homología?

• ¿Por qué el parecido en secuencia se pierde antes en la secuencia de nucleótidos que en la de aminoácidos?

• ¿Qué diferencia hay entre alineamiento global y local? ¿Cuándo debemos usar uno u otro?

• ¿Por qué comparando pares de secuencias no podemos encontrar homólogos remotos?

• ¿Qué información sale a la luz cuando hacemos un alineamiento múltiple?

• ¿Qué es un perfil y por qué permite encontrar homólogos lejanos?

• ¿Por qué el análisis de secuencias (alineamientos, búsquedas, predicción de función...) hay que hacerlo teniendo en cuenta la organización de dominios de las proteínas?

• ¿Por qué a la hora de predecir la función de una proteína debemos tener en cuenta la clasificación en familias y subfamilias de los homólogos?

En la práctica debemos saber...

• Buscar homólogos por métodos sencillos (BLAST) y sofisticados (PSI-BLAST, hmmpfam).

(teniendo una idea de qué significan los parámetros de esos programas: matrices de substitución, gap-open, gap-extension, en qué bases de datos buscar, el e-value...)
 
• Hacer un alineamiento múltiple (clustalw) y ser capaces de visualizarlo con algún programa como por ejemplo belvu.

• Obtener información de bases de datos como Swiss-Prot y Pfam, por ejemplo.

• Analizar la organización de dominios de las proteínas.

• Dónde podemos encontrar información de interés: COGs, PFam, InterPro, Swiss-Prot, etcétera.