Predicción de las características 1D a partir de la secuencia
Los servidores de estructure secondaria públicos son:
PHDsec es una red neuronal para la predicción de estructura secundaria, accesibilidad y hélices transmembrana. Emplea alineamientos múltiples de secuencias. Fiabilidad ~70%.
Jpred2 es un método que incorpora dos redes neuronales e incluye información evolutiva (PsiBlast). La versión 2 evalúa los resultados de 4 redes neuronales diferentes (JNet, NSSP, Predator, PHD) para mejorar la fiabilidad.
PROF Basado en alineamientos múltiples y otras características de los residuos obtenidas de bases de datos. Fiabilidad de ~70%.
PSIpred Basado en perfiles generados con psi-blast (filtrando los resultados eliminando proteínas extrañas) y redes neuronales (combina los resultados de varios métodos de predicción de estructura secundaria). Acierto >76%.
SAM-T99 Una red neuronal y perfiles de alineamientos múltiples mejorados mediante el empleo de "Hidden Markov".
SSpro Emplea redes neuronales recurrentes y bidireccionales de ventanas fijas y de pequeño tamaño que permiten usar la cadena proteica completa como input.
Accesibilidad
Entre los servidores públicos se encuentran: