No se conoce la estructura de la PKC pero, dado que las isozimas de PKC presentan un alto grado de homología con la proteína kinasa dependiente de AMPc (proteína kinasa A, o PKA), Orr y Newton han modelado el dominio catalítico de la isozima PKC beta-II, basada en la estructura de PKA (J. Biol. Chem. 269, 8383 (1994))
Comenzaremos nuestro examen de esta enzima estudiando la proteína como una estructura en cinta button("script a020.spt");
El modelo de Orr/Newton incluye un péptido "pseudosustrato" unido button("script a030.spt"); derivado del dominio N-terminal del pseudosustrato de PKC, al igual que una molécula de ATP button("script a040.spt"); unida profundamente en el centro activo y cubierta por el péptido pseudosustrato unido. Dos iones Mn button("script a050.spt"); están coordinados con los fosfatos terminales del ATP.
La estructura modelada del dominio catalítico de PKC incluye varias hélices alfa grandes button("script a060.spt"); una lámina beta retorcida button("script a070.spt"); y un número de segmentos alfa-helicoidales button("script a080.spt"); más pequeños.
La PKC es capaz de autofosforilarse, y en este modelo la Thr-500 se encuentra fosforilada button("script a090.spt");
La localización de Trp-493 en este modelo de PKC button("script a100.spt"); es similar a la de Trp-196 en PKA. Este último residuo se muestra como parte de la interfaz entre las subunidades catalítica y reguladora de PKA, y lo mismo podría ser cierto para Trp-493 en la PKC.
Observemos con más detalle el péptido pseudosustrato unido. Este botón nos permitirá acercarlo y examinar el péptido unido con mayor detalle button("script a120.spt");
El péptido pseudosustrato posee todas las características de un péptido diana, pero contiene una alanina (Ala-25) button("script a130.spt"); en vez de una Ser o Thr en el lugar "fosfo-aceptor". El lugar fosfo-aceptor está rodeado de residuos básicos, incluido un residuo de lisina button("script a140.spt"); y varios residuos de arginina button("script a150.spt");
De forma típica, los péptidos diana de PKC poseen un residuo hidrofóbico en el lado C-terminal del sitio fosfoaceptor, y en el caso del péptido pseudosustrato este residuo es una leucina button("script a160.spt");