| Práctica
Procariotas 1 |
| El objetivo de la práctica es familiarizarse con los métodos
más sencillos para identificar genes en procariotas. Se usará
ORF Finder para analizar una secuencia de Bacillus subtilis. ORF Finder
busca codones de inicio y terminación, para identificar ORFs. Los
ORFs predichos son traducidos, y el usuario puede hacer búsquedas
con Blast para intentar encontrar secuencias similares en las bases de
datos de proteínas. |
| Secuencia |
>Bsu
CTGCAGCGGCTGACAATAGCAGGCCGACAACGGTTGAGGTGTCAACAGCTGATTTTGTGATGAAGGATAA
ACCGCATTTCTTTTTCCTTGAACGCTATAAGGATTCATATGAGGAGGAGATTCTCCGTTTTGCAGAAGCG
ATCGGCACAAACCAGGAGACTCCCTGCACCGGCAATGACGGTTTACAGGCCGGGAGGATCGCCAGAGCAG
CACAGCAATCGCTTGCTTTTGGCATGCCTGTTAGCATTGAGCACACTGAAAAAATCGCTTTTTAATCTAA
CAGGATTACAATTCAGCAAGCTTGGGTATATACTCCATTGATACTTTAAGTAGGCGGTGGAGAAAATGAA
TACAGTACATGCTAAAGGAAATGTTTTGAACAAAATCGGAATTCCTTCTCACATGGTTTGGGGTTATATT
GGCGTTGTCATCTTTATGGTTGGAGACGGCCTCGAACAAGGCTGGCTGTCTCCTTTTCTCGTTGATCATG
GTCTCAGTATGCAGCAATCCGCATCGTTATTTACCATGTACGGCATTGCTGTCACCATCTCAGCTTGGCT
TTCAGGAACGTTTGTGGAAACTTGGGGGCCGAGAAAAACGATGACTGTCGGATTGCTTGCATTTATCCTC
GGTTCGGCCGCTTTTATCGGCTGGGCGATTCCTCATATGTATTATCCGGCTCTCTTGGGCAGCTATGCTC
TTAGAGGCTTGGGATATCCGCTGTTTGCATACTCTTTTCTCGTATGGGTGTCATACAGCACCTCTCAAAA
TATTCTTGGAAAAGCCGTCGGCTGGTTTTGGTTTATGTTTACGTGCGGCCTTAACGTGCTCGGTCCGTTC
TATTCCAGCTATGCAGTTCCGGCCTTTGGAGAAATCAATACGCTTTGGAGCGCTTTACTGTTTGTGGCGG
CAGGCGGAATTCTTGCCTTATTTTTTAACAAAGATAAATTTACTCCGATACAAAAACAAGATCAGCCGAA
ATGGAAAGAACTGTCGAAGGCATTTACGATTATGTTTGAAAACCCTAAGGTAGGCATCGGCGGAGTGGTC
AAGACGATTAATGCGATAGGACAATTTGGATTTGCCATCTTTCTTCCTACTTATTTAGCACGATACGGGT
ATTCGGTTTCGGAATGGCTGCAAATATGGGGGACTCTGTTTTTTGTGAATATTGTGTTTAATATCATTTT
CGGTGCAGTCGGAGATAAACTAGCGTGGCGCAATACGGTCATGTGGTTTGGCGGTGTCGGATGCGGTATT
TTTCTGGCGCTGTATTACACGCCTCAGCTGATCGGGCATCAGTATTGGGTGCTCATGATTATCGCCTGCT
GCTACGGCGCGGCTTTAGCAGGGTACGTCCCATTAAGCGCGCTTTTGCCGACGCTTGCACCTGATAATAA
AGGTGCTGCCATGTCAGTGTTGAATTTGGGATCTGGTTTATGTGCGTTTATCGCGCCGGGCATCGTGAGT
CTTTTCATTGGGCCGCTCGGTGCAGGTGGCGTGATTTGGATCTTTGCGGCATTGTATTTTTTCAGTGCCT
TTCTGACGCGATTCTTGACAATTTCTGAGCAAAGCACAGATGTGTATACGGAGGAACGGTTTGTCAGGGA
AAATGTGCAGACAAATTTTGATAAAACGGTTAAGCAGTAGCCTCTTTGGTCAAACTAATCATAAACGTGT
GCAAAGAGGTGTAGAGGGTGAAACGATTCAGCACGGCGTATCTTTTGCTGGGCATTCTTTGCTCAGCGGC
AGTATTTTTAATAGGAGCTCCTTCCCGCGCACTTGGCGCGGAAGTGGAGCACTATGAGCCGCTGCAGGTG
CATGTGCAGCTTGAAAAGGTGTATTTGGACGGCGATGTCAGCATTGAGCATAAGCATGAAAAAGTGTTTT
CTATGGATGATTTTTGGGCAGCTTATGCCGGATGGACGCTAGTGGAACAAAAAAAGGGATATGTGCTCTT
CCGGAAGCAAATGGACGATATTTCTCCGCTCAGCAAGGTCAACGGGTATATCGGTGTATCGGATAATGGA
GTGATTTCCACTTTTCATGGGCGGCCTGAGCCAGCTTCCGAACCAATTCAGTCTTTTTTTCAAATTGATT
TAGAAAGGCTGGAAAGCCATATGCAAAAAAATCTGCTGAAAGGCATTCCATTTCGGACAAAAGCGGAGTT
TGAGGATGTCATCGAACATATGAAGACATACAGCGGGTAGCGTCCGCTGATTGAAGACATGTATTCATGT
CTTTTTTTTCGTGAAAGAATGAGAGAGAAGCGAACATATGTTAACTTTTCTATAAGACTTTGGCTGTTTT
TATGGTACAATGAAGAACAGTCAAAGAGGTGAATTTGCGTGATTGAATTTGTTAAAGGGACGATTGATTA
TGTATCTCCCCAATATATTGTCATAGAGAACGGCGGCATCGGCTATCAGATTTTCACGCCGAATCCGTTT
ATATATAAGGAGAGAAGCCAAGAAACGATTTTTACATACCATCATATCAGAGAGGATGCTTTTTCGCTTT
ATGGTTTTTCAACAAGAGAGGAGAAGGCGCTCTTTACAAAGCTGTTAAACGTGACCGGAATTGGCCCGAA
AGGAGCACTTGCCATCTTGGGCTCGGGTGATCCCGGAGCGGTCATCCAAGCAATTGAAAATGAAGATGAA
GCTT
|
| Pasos: |
-
Conectarse a ORF Finder
en una ventana nueva.
-
Insertamos la secuencia que que aparece arriba, seleccionamos el código
genético de bacterias y lanzamos ORF Finder.
-
Aparece la predicción de ORFs en las seis fases de lectura. Por
defecto, aparecen solo las mayores de 100 aminoácidos, aunque es
posible cambiar ese umbral.
-
Se puede entonces ir seleccionando cada una de las ORFs, para visualizar
su secuencia y su traducción a aminoácidos.
-
Una vez que se ha seleccionado una ORF, desde la ventana con la secuencia
predicha para el péptido, se puede:
-
Identificar codones de iniciación alternativos.
-
Lanzar una búsqueda con BLAST para buscar evidencias de que existen
proteínas parecidas al péptido, en las bases de datos.
-
Lanzar una búsqueda con Cognitor para asignar el péptido
a uno de los grupos de proteínas homólogas definidas en la
base de datos COG.
-
Marcar la ORF como "aceptada", una vez que hemos obtenido evidencias convincentes,
e ir construyendo un mapa del segmento que se está analizando.
-
Cuando se haya finalizado el proceso de "aceptar" ORFs, se podrá
generar un fichero en formato GenBank (y en otros formatos), en el que
aparecerá resumida la información sobre el fragmento de ADN
analizado.
|
|
|