Predicción de estructura 3D
Threading

El "reconocimiento de plegamiento", "diseño por homología remota" o threading es una técnica de predicción de estructura tridimensional de proteinas aplicable cuando no hay similitud suficiente de secuencia entre la secuencia problema y ninguna estructura 3D conocida y, por tanto, no se pueden aplicar las técnicas de "modelado por homología". Se basa en superponer la secuencia problema sobre la estructura de diferentes proteínas cuyo plegamiento estructural es conocido y evaluar cómo "encaja" en cada uno de ellos. Por "encajar" se entienden cosas diferentes según el programa de threading: coincidencia de estructura secundaria, accesibilidad o energía de solvatación similares, etc.

Ejemplos ya hechos:

Flavin reductasa.

TTLSCKVTSVEAITDTVYRVRIVPDAAFSFRAGQYLMVVMDERDKRPFSMASTPDEKGFI
ELHIGASEINLYAKAVMDRILKDHQIVVDIPHGEAWLRDDEERPMILIAGGTGFSYARSI
LLTALARNPNRDITIYWGGREEQHLYDLCELEALSLKHPGLQVVPVVEQPEAGWRGRTGT
VLTAVLQDHGTLAEHDIYIAGRFEMAKIARDLFCSERNAREDRLFGDAFAFI

Resultados.

Polyribonucleotide nucleotidyltransferase (84aa):

AEIEVGRVYT GKVTRIVDFG AFVAIGGGKE GLVHISQIAD KRVEKVTDYL
QMGQEVPVKV LEVDRQGRIR LSIKEATEQS QPAA

Resultados.

Casos para hacer:

Protein 1.

RLSWYDPDFQARLTRSNSKCQGQLEV YLKDGWHMVC
SQSWGRSSKQWEDPSQASKVCQRLNCGVPLSLGPFLV
TYTPQSSIICYGQLGSFSNCSHSRNDMCHSLGLTCLE
(results from some threading servers)

Protein 2.

MAEDGPQKQQLEMPLVLDQDLTQQMRLRVESLKQRGEKKQDGEKLI
RPAESVYRLDFIQQQKLQFDHWNVVLDKPGKVTITGTSQNWTPDLT
NLMTRQLLDPAAIFWRKEDSDAMDWNEADALEFGERLSDLAKIRKV
MYFLITFGEGVEPANLKASVVFNQL

Protein 3.

MINRTDCNENSYLEIHNNEGRDTLCFANAGTMPVAIYGVNWVESGNNVVT
LQFQRNLSDPRLETITLQKWGSWNPGHIHEILSIRIY
(results from some threading servers)

Protein 4.

MIDLSKTVFYTSIDIGSRYIKGLVLGKRDQEWEALAFSSVKSRGLDEGEIKDAIAFKESV
NTLLKELEEQLQKSLRSDFVISFSSVSFEREDTVIERDFGEEKRSITLDILSEMQSEALE
KLKENGKTPLHIFSKRYLLDDERIVFNPLDMKASKIAIEYTSIVVPLKVYEMFYNFLQDT
VKSPFQLKSSLVSTAEGVLTTPEKDRGVVVVNLGYNFTGLIAYKNGVPIKISYVPVGMKH
VIKDVSAVLDTSFEESERLIITHGNAVYNDLKEEEIQYRGLDGNTIKTTTAKKLSVIIHA
RLREIMSKSKKFFREVEAKIVEEGEIGIPGGVVLTGGGAKIPRINELATEVFKSPVRTGC
YANSDRPSIINADEVANDPSFAAAFGNVFAVSENPYEETPVKSENPLKKIFRLFKELME

Protein 5.

VATAKYGTPVIDGEIDEIWNTTEEIERKAVAMGSLDKNAT
AKVRVLWDENYLYVLAIVKDPVLNKDNSNPWEQDSVEIFI
DENNHKTGYYEDDDAQFRVNYMNEQTFGTGGSPARFKTAV
KLIEGGYIVEAAIKWKTIKPTPNTVIGFNIQVNDANEKGQ
RVGIISWSDPTNNSWRDPSKFGNLRLIK

BioInfo Lab.
Centro de Astrobiologia (CSIC- INTA).
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Torrejon de Ardoz, 28850 Madrid.
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Predicción de estructura 3D Threading

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Casos para hacer:

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