# This prediction was derived from the following methods # by averaging the corresponding probabilities: # Method 0: # TARGET seed-seqs-29121.a2m(1) # Using neural net overrep-2500-IDaa13-5-9-7-10-5-9-11-ehl2-seeded2-stride-trained.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 9 # 7 10 # 5 9 # 11 3 (1 EHL2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /var/tmp/hmm-target99-work-25725//target-align-25725.a2m # with weighted counts, using EntropyWeight(1.4 bits/column, 10) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82.1097 # # CHAIN 1 # Method 1: # Prediction using SAM HMM nearest-neighbor # sequence: seed-seqs-29121.a2m(1) # model_file: /projects/compbio/tmp/sam-nn-tmp.cc57.3230/model.mod # database_files: /projects/compbio/programs/hmm-server-2.0/src/pcc/data/overrep-2260.verify.mixed.seq /projects/compbio/programs/hmm-server-2.0/src/pcc/data/overrep-2260.verify.mixed.2d # scoring_mode: local # null_model: reverse # scoring_algorithm: EM # adjust_score: 2 # date: Mon Feb 16 09:31:25 2004 # Method 2: # ###begin 0 # # Protein secondary structure prediction by universal HMM # HMM file: /projects/compbio/programs/hmm-server-2.0/src/pcc/scripts/gdac.test.initreest.38state.abb.isites.gd.updated.ghmm-128reest-1-128-105-0.07gd # Alignment file: /var/tmp/hmm-target99-work-25725//target-align-25725.a2m # # guide seq name: seed-seqs-29121.a2m(1), 200 bases, F33836C checksum. # ###end 0 Pos AA E H L 10N 1S 5N 5N 5N 0 M 0.136 0.172 0.692 1 L 0.233 0.196 0.571 2 K 0.259 0.204 0.537 3 N 0.188 0.195 0.617 4 T 0.136 0.309 0.555 5 S 0.113 0.299 0.587 6 S 0.109 0.321 0.57 7 N 0.107 0.272 0.622 8 L 0.109 0.279 0.612 9 D 0.142 0.293 0.565 10 A 0.189 0.285 0.526 11 P 0.195 0.3 0.505 12 V 0.182 0.36 0.458 13 A 0.16 0.367 0.473 14 R 0.167 0.467 0.366 15 S 0.199 0.469 0.332 16 C 0.194 0.487 0.318 17 D 0.186 0.488 0.326 18 F 0.171 0.443 0.386 19 A 0.136 0.38 0.483 20 M 0.138 0.382 0.479 21 K 0.134 0.362 0.504 22 K 0.118 0.352 0.53 23 M 0.109 0.578 0.312 24 D 0.108 0.607 0.285 25 L 0.124 0.639 0.238 26 R 0.135 0.622 0.243 27 K 0.144 0.611 0.245 28 A 0.165 0.597 0.238 29 F 0.195 0.554 0.251 30 T 0.24 0.491 0.269 31 L 0.304 0.367 0.329 32 I 0.329 0.27 0.401 33 E 0.251 0.154 0.595 34 P 0.2 0.127 0.672 35 G 0.214 0.109 0.677 36 P 0.334 0.106 0.559 37 V 0.623 0.125 0.252 38 T 0.717 0.125 0.159 39 L 0.762 0.126 0.112 40 V 0.737 0.122 0.141 41 T 0.628 0.116 0.256 42 T 0.442 0.138 0.42 43 S 0.212 0.159 0.629 44 A 0.126 0.198 0.676 45 G 0.106 0.21 0.684 46 G 0.149 0.209 0.641 47 T 0.302 0.198 0.499 48 N 0.414 0.21 0.376 49 N 0.409 0.203 0.389 50 V 0.432 0.21 0.359 51 M 0.424 0.195 0.381 52 T 0.408 0.215 0.377 53 I 0.405 0.261 0.334 54 S 0.369 0.274 0.357 55 W 0.404 0.28 0.316 56 T 0.428 0.259 0.313 57 M 0.427 0.234 0.339 58 A 0.449 0.236 0.315 59 V 0.425 0.231 0.344 60 D 0.365 0.18 0.454 61 F 0.254 0.147 0.599 62 T 0.16 0.0969 0.743 63 P 0.0893 0.123 0.787 64 K 0.158 0.155 0.687 65 L 0.587 0.169 0.243 66 A 0.665 0.169 0.166 67 I 0.676 0.172 0.152 68 T 0.63 0.169 0.201 69 T 0.523 0.174 0.303 70 G 0.262 0.172 0.566 71 P 0.147 0.233 0.621 72 W 0.133 0.299 0.568 73 N 0.141 0.438 0.421 74 F 0.161 0.485 0.354 75 S 0.17 0.561 0.27 76 Y 0.172 0.637 0.191 77 K 0.168 0.642 0.191 78 A 0.181 0.638 0.181 79 L 0.195 0.641 0.164 80 T 0.166 0.632 0.201 81 K 0.137 0.627 0.236 82 S 0.13 0.473 0.397 83 R 0.147 0.255 0.598 84 E 0.358 0.248 0.394 85 C 0.602 0.231 0.167 86 V 0.637 0.223 0.141 87 I 0.616 0.226 0.158 88 A 0.503 0.222 0.274 89 I 0.366 0.217 0.417 90 P 0.222 0.226 0.552 91 T 0.14 0.283 0.577 92 V 0.121 0.615 0.265 93 D 0.117 0.62 0.264 94 L 0.134 0.654 0.212 95 L 0.142 0.663 0.196 96 D 0.144 0.665 0.191 97 K 0.17 0.659 0.17 98 V 0.187 0.643 0.17 99 V 0.189 0.625 0.186 100 G 0.199 0.601 0.2 101 V 0.202 0.541 0.256 102 G 0.184 0.45 0.366 103 T 0.169 0.393 0.438 104 C 0.162 0.334 0.504 105 S 0.143 0.236 0.621 106 G 0.108 0.207 0.685 107 K 0.114 0.239 0.646 108 D 0.127 0.238 0.635 109 T 0.118 0.367 0.515 110 D 0.113 0.353 0.535 111 K 0.13 0.551 0.319 112 F 0.162 0.559 0.279 113 D 0.162 0.56 0.278 114 T 0.172 0.541 0.288 115 F 0.174 0.441 0.385 116 R 0.157 0.233 0.61 117 L 0.229 0.227 0.545 118 T 0.33 0.221 0.448 119 P 0.303 0.248 0.448 120 I 0.29 0.242 0.468 121 K 0.251 0.252 0.498 122 G 0.209 0.251 0.54 123 K 0.246 0.252 0.502 124 Y 0.275 0.243 0.482 125 V 0.257 0.232 0.511 126 E 0.167 0.164 0.668 127 A 0.123 0.252 0.626 128 P 0.111 0.353 0.536 129 L 0.204 0.465 0.331 130 I 0.209 0.525 0.266 131 K 0.163 0.558 0.279 132 E 0.163 0.534 0.304 133 C 0.18 0.303 0.517 134 V 0.299 0.306 0.395 135 A 0.493 0.301 0.206 136 N 0.534 0.296 0.171 137 I 0.555 0.298 0.146 138 E 0.541 0.297 0.162 139 C 0.533 0.278 0.189 140 K 0.538 0.278 0.183 141 V 0.535 0.284 0.18 142 V 0.497 0.282 0.221 143 D 0.473 0.277 0.25 144 I 0.439 0.281 0.28 145 I 0.39 0.276 0.334 146 K 0.248 0.275 0.477 147 K 0.163 0.238 0.599 148 H 0.225 0.239 0.536 149 D 0.46 0.236 0.304 150 I 0.614 0.236 0.15 151 V 0.647 0.232 0.121 152 V 0.631 0.237 0.132 153 L 0.588 0.248 0.163 154 E 0.584 0.251 0.164 155 G 0.611 0.254 0.135 156 V 0.583 0.259 0.158 157 A 0.547 0.263 0.19 158 A 0.523 0.267 0.209 159 Y 0.483 0.264 0.253 160 F 0.403 0.264 0.333 161 D 0.248 0.279 0.472 162 T 0.152 0.358 0.49 163 S 0.169 0.364 0.466 164 R 0.234 0.344 0.422 165 K 0.228 0.287 0.485 166 E 0.122 0.212 0.666 167 K 0.1 0.244 0.656 168 R 0.144 0.246 0.61 169 T 0.223 0.255 0.522 170 L 0.419 0.263 0.318 171 H 0.501 0.254 0.245 172 A 0.504 0.245 0.251 173 V 0.396 0.23 0.375 174 G 0.244 0.22 0.536 175 D 0.201 0.208 0.591 176 G 0.241 0.199 0.56 177 T 0.393 0.198 0.408 178 F 0.539 0.2 0.262 179 V 0.546 0.191 0.264 180 V 0.476 0.192 0.332 181 D 0.332 0.217 0.451 182 G 0.186 0.226 0.588 183 R 0.18 0.292 0.528 184 T 0.206 0.352 0.443 185 L 0.209 0.417 0.374 186 D 0.182 0.415 0.403 187 R 0.182 0.474 0.344 188 K 0.196 0.459 0.344 189 K 0.211 0.458 0.331 190 Q 0.209 0.469 0.322 191 M 0.198 0.435 0.367 192 R 0.18 0.412 0.408 193 S 0.178 0.391 0.431 194 K 0.197 0.401 0.402 195 L 0.219 0.36 0.421 196 L 0.198 0.323 0.479 197 G 0.196 0.251 0.553 198 I 0.123 0.128 0.748 199 F 0.123 0.144 0.733