Predicción de estructura 3D
Threading
El "reconocimiento de plegamiento", "diseño por homología remota" o
threading es una técnica de predicción de estructura tridimensional de proteinas
aplicable cuando no
hay similitud suficiente de secuencia entre la secuencia problema y ninguna estructura 3D conocida
y, por tanto,
no se puede aplicar "modelado por homología".
Se basa en colocar la secuencia problema en diferentes plegamientos conocidos y
evaluar como se "encuentra de bien" o como encaja en cada uno de ellos. Por
"encajar" se entienden cosas diferentes según el programa de threading: coincidencia
de estructura secundaria, residuos en ambientes parecidos a como se encuentran en la
base de datos, etc.
Programas.
- El paso 0 consiste en ver si la secuencia problema no tiene ningún homologo de
estructura conocida con lo que no se puede "diseño por homología".
żEsta cristalizada o se parece a alguna cristalizada?.
BLAST contra PDB.
- Caracteristicas estructurales que puedan ayudar a discriminar entre modelos de threading.
Predicciones 1D.
-
Algunos programas de threading.
- TOPITS: Threading basado en coincidencia de estructura secundaria y accesibilidad.
Servidor PredictProtein
- Threader2: Basado en potenciales de solvatación y de contactos obtenidos
de proteínas cristalizadas.
- 3D-PSSM: Basado en perfiles de secuencia, potenciales de solvatación
y estructura secundaria.
Servidor 3DPSSM
- SAM/HMM: Basado en modelos de markov de alineamientos de proteinas cristalizadas.
Es como una busqueda de secuencia más fina.
Servidor 3DPSSM
- Clasificación y comparación de estructuras tridimensionales.
- Otros servidores y programas de Threading.
- Programas para la visualización y combinación de resultados de threading.
Threadlize.
Ejemplo ya hecho.
Casos para hacer.
Proteina 1.
TTLSCKVTSVEAITDTVYRVRIVPDAAFSFRAGQYLMVVMDERDKRPFSMASTPDEKGFI
ELHIGASEINLYAKAVMDRILKDHQIVVDIPHGEAWLRDDEERPMILIAGGTGFSYARSI
LLTALARNPNRDITIYWGGREEQHLYDLCELEALSLKHPGLQVVPVVEQPEAGWRGRTGT
VLTAVLQDHGTLAEHDIYIAGRFEMAKIARDLFCSERNAREDRLFGDAFAFI
Proteina 2.
RLSWYDPDFQARLTRSNSKCQGQLEV YLKDGWHMVC
SQSWGRSSKQWEDPSQASKVCQRLNCGVPLSLGPFLV
TYTPQSSIICYGQLGSFSNCSHSRNDMCHSLGLTCLE
Proteina 3.
SEDNFARFVCKNNGVLFENQLLQIGLKSEFRQNLGRMFIFYGNKTSTQFLNFTPTLICAD
DLQTNLNLQTKPVDPTVDGGAQVQQVINIECISDFTEAPVLNIQFRYGGTFQNVSVKLPI
TLNKFFQPTEMASQDFFQRWKQLSNPQQEVQNIFKAKHPMDTEITKAKIIGFGSALLEEV
DPNPANFVGAGIIHTKTTQIGCLLRLEPNLQAQMYRLTLRTSKDTVSQRLCELLSEQF
Proteina 4
MKVPPHSIEAEQSVLGGLMLDNERWDDVAERVVADDFYTRPHRHIFTE
MARLQESGSPIDLITLAESLERQGQLDSVGGFAYLAELSKNTPSAANI
SAYADIVRERAVVREMIS