Modelado por homología:

(Rotámeros y modelado de loops.)

• El número de disposiciones espaciales que puede adoptar una cadena lateral es finito. Este hecho, permite elaborar librerías de rotámeros, donde en función de la secuencia peptídica que rodea a un residuo determinado limita el número de sus orientaciones posibles. Esto podemos observarlo cuando alineamos y superponemos diferentes estructuras en regiones donde comparten una ventana de diez aminoacidos idénticos.
  
  
  
  
• El modelado de loops presenta una complicación adicional, debido a que estas regiones disponen de un alto grado de libertad en sus disposiciones espaciales. Comúnmente, no es fácil predecir, y por tanto, modelar dichas regiones, a no ser que la homología en el alineamiento sea muy alta. Como muestra de dicha dificultad podemos observar la superposición de tres estructuras de loop: el loop molde, el modelo, y la estructura real.