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EVA summary for category sec (3)

Contents

About secondary structure prediction methods evaluated

Method NprotNweekDetailed results for method
ALL 394 79 method/index.html
APSSP   00method/apssp.html
APSSP2   31264method/apssp2.html
JPred   16729method/jpred.html
JUFO   9126method/jufo.html
PHD   32465method/phd.html
PHDpsi   32165method/phdpsi.html
PROF_king   32272method/prof_king.html
PROFsec   32465method/profsec.html
Prospect   24262method/prospect.html
PSIpred   32072method/psipred.html
PSSP   11method/pssp.html
SABLE   339method/sable.html
SAM-T99sec   27673method/samt99_sec.html
SCRATCH (SSpro3)   12128method/scratch.html
SSpro1   11method/sspro1.html
SSpro2   25748method/sspro2.html

 


Comparison of secondary structure prediction methods (detail level 3)

Averages compiled over different subsets

 


Set 1

 Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 11dssp1JPred84.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.086.0+/-10.078.0+/-10.083.0+/-10.090.0+/-10.079.1+/-10.0100.0+/-10.088.0+/-10.073.0+/-10.00.0+/-10.00.38+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.00100.0+/-10.00.0+/-10.04.0+/-10.0
PHD75.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.074.0+/-10.064.0+/-10.093.0+/-10.074.0+/-10.0100.0+/-10.093.0+/-10.062.0+/-10.00.9+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.68+/-10.000.58+/-10.00100.0+/-10.09.0+/-10.09.0+/-10.0
PHDpsi82.7+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.071.0+/-10.073.0+/-10.096.0+/-10.084.1+/-10.0100.0+/-10.092.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.013.0+/-10.0
PROF_king80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.087.0+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PROFsec80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.088.3+/-10.0100.0+/-10.090.0+/-10.086.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
Prospect70.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.062.0+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.001.00+/-10.000.53+/-10.000.49+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
PSIpred70.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.062.0+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.001.00+/-10.000.53+/-10.000.49+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
SAM-T99sec78.2+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.082.0+/-10.069.0+/-10.075.0+/-10.085.0+/-10.074.7+/-10.0100.0+/-10.069.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.25+/-10.001.00+/-10.000.57+/-10.000.57+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.07.0+/-10.0
SSpro279.1+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.067.0+/-10.067.0+/-10.095.0+/-10.086.8+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.63+/-10.000.63+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
common 11dssp2APSSP256.4+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.051.0+/-10.071.0+/-10.060.0+/-10.069.0+/-10.045.9+/-10.0100.0+/-10.044.0+/-10.046.0+/-10.04.5+/-10.00.10+/-10.001.00+/-10.000.40+/-10.000.22+/-10.00100.0+/-10.020.0+/-10.011.0+/-10.0

 


Set 2

 Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 21dssp1JPred84.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.086.0+/-10.078.0+/-10.083.0+/-10.090.0+/-10.079.1+/-10.0100.0+/-10.088.0+/-10.073.0+/-10.00.0+/-10.00.38+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.00100.0+/-10.00.0+/-10.04.0+/-10.0
PHD75.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.074.0+/-10.064.0+/-10.093.0+/-10.074.0+/-10.0100.0+/-10.093.0+/-10.062.0+/-10.00.9+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.68+/-10.000.58+/-10.00100.0+/-10.09.0+/-10.09.0+/-10.0
PHDpsi82.7+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.071.0+/-10.073.0+/-10.096.0+/-10.084.1+/-10.0100.0+/-10.092.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.013.0+/-10.0
PROF_king80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.087.0+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PROFsec80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.088.3+/-10.0100.0+/-10.090.0+/-10.086.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PSIpred70.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.062.0+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.001.00+/-10.000.53+/-10.000.49+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
SAM-T99sec78.2+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.082.0+/-10.069.0+/-10.075.0+/-10.085.0+/-10.074.7+/-10.0100.0+/-10.069.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.25+/-10.001.00+/-10.000.57+/-10.000.57+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.07.0+/-10.0
SSpro279.1+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.067.0+/-10.067.0+/-10.095.0+/-10.086.8+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.63+/-10.000.63+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0

 


Set 3

 Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 31dssp1JPred84.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.086.0+/-10.078.0+/-10.083.0+/-10.090.0+/-10.079.1+/-10.0100.0+/-10.088.0+/-10.073.0+/-10.00.0+/-10.00.38+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.00100.0+/-10.00.0+/-10.04.0+/-10.0
PHD75.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.074.0+/-10.064.0+/-10.093.0+/-10.074.0+/-10.0100.0+/-10.093.0+/-10.062.0+/-10.00.9+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.68+/-10.000.58+/-10.00100.0+/-10.09.0+/-10.09.0+/-10.0
PHDpsi82.7+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.071.0+/-10.073.0+/-10.096.0+/-10.084.1+/-10.0100.0+/-10.092.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.013.0+/-10.0
PROF_king80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.087.0+/-10.0100.0+/-10.089.0+/-10.085.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PROFsec80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.088.3+/-10.0100.0+/-10.090.0+/-10.086.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PSIpred70.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.062.0+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.001.00+/-10.000.53+/-10.000.49+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
SAM-T99sec78.2+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.082.0+/-10.069.0+/-10.075.0+/-10.085.0+/-10.074.7+/-10.0100.0+/-10.069.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.25+/-10.001.00+/-10.000.57+/-10.000.57+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.07.0+/-10.0

 


Set 4

 Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 41dssp1JPred84.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.086.0+/-10.078.0+/-10.083.0+/-10.090.0+/-10.079.1+/-10.0100.0+/-10.088.0+/-10.073.0+/-10.00.0+/-10.00.38+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.00100.0+/-10.00.0+/-10.04.0+/-10.0
PHD75.5+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.074.0+/-10.064.0+/-10.093.0+/-10.074.0+/-10.0100.0+/-10.093.0+/-10.062.0+/-10.00.9+/-10.00.34+/-10.001.00+/-10.000.68+/-10.000.58+/-10.00100.0+/-10.09.0+/-10.09.0+/-10.0
PHDpsi82.7+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.095.0+/-10.071.0+/-10.073.0+/-10.096.0+/-10.084.1+/-10.0100.0+/-10.092.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.69+/-10.000.69+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.013.0+/-10.0
PROFsec80.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.097.0+/-10.068.0+/-10.069.0+/-10.097.0+/-10.088.3+/-10.0100.0+/-10.090.0+/-10.086.0+/-10.00.0+/-10.00.40+/-10.001.00+/-10.000.67+/-10.000.67+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.017.0+/-10.0
PSIpred70.9+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.091.0+/-10.062.0+/-10.056.0+/-10.090.0+/-10.063.7+/-10.0100.0+/-10.066.0+/-10.062.0+/-10.00.0+/-10.00.22+/-10.001.00+/-10.000.53+/-10.000.49+/-10.000.0+/-10.02.0+/-10.019.0+/-10.0
SAM-T99sec78.2+/-10.00.0+/-10.00.0+/-10.082.0+/-10.069.0+/-10.075.0+/-10.085.0+/-10.074.7+/-10.0100.0+/-10.069.0+/-10.078.0+/-10.00.0+/-10.00.25+/-10.001.00+/-10.000.57+/-10.000.57+/-10.000.0+/-10.00.0+/-10.07.0+/-10.0

 


Set 5

 Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 524dssp1SAM-T99sec78.2+/-1.969.6+/-8.463.8+/-8.041.6+/-8.650.9+/-9.571.1+/-4.674.8+/-4.274.8+/-2.683.6+/-4.577.9+/-5.565.9+/-4.63.2+/-1.50.38+/-0.030.71+/-0.050.73+/-0.060.59+/-0.0491.7+/-5.88.2+/-2.17.0+/-1.8
common 524dssp2PHD72.9+/-2.062.5+/-7.865.9+/-7.645.0+/-8.044.4+/-8.567.4+/-4.075.2+/-4.371.2+/-3.279.4+/-5.076.4+/-5.063.4+/-4.65.4+/-1.90.33+/-0.040.67+/-0.060.70+/-0.060.52+/-0.0487.5+/-6.910.2+/-1.99.8+/-1.9
PHDpsi73.9+/-2.063.6+/-8.065.6+/-7.845.1+/-8.145.1+/-8.867.5+/-4.076.0+/-4.371.9+/-3.379.1+/-5.179.0+/-4.864.0+/-4.64.9+/-1.90.34+/-0.030.67+/-0.060.70+/-0.060.52+/-0.0487.5+/-6.99.9+/-2.09.0+/-2.0
PROFsec75.5+/-2.263.1+/-8.064.2+/-8.347.2+/-9.642.9+/-9.268.8+/-3.475.1+/-3.974.2+/-3.281.4+/-4.879.8+/-5.365.1+/-4.04.0+/-1.50.34+/-0.030.68+/-0.050.71+/-0.060.53+/-0.0491.7+/-5.89.4+/-2.06.6+/-1.6
PSIpred75.5+/-2.266.8+/-8.363.5+/-8.241.6+/-9.442.6+/-10.068.6+/-3.776.5+/-3.372.5+/-3.182.8+/-4.475.8+/-6.264.2+/-4.33.9+/-1.70.33+/-0.040.69+/-0.050.72+/-0.060.53+/-0.0487.5+/-6.99.6+/-2.65.9+/-1.8

 


Set 6

 Sorted alphabetically for identical ranks!     MORE SCORES    
subset nprot sots rank method Q3 ERRsigQ3 Q3H%o ERRsigQ3H%o Q3H%p ERRsigQ3H%p Q3E%o ERRsigQ3E%o Q3E%p ERRsigQ3E%p Q3L%o ERRsigQ3L%o Q3L%p ERRsigQ3L%p sov ERRsigsov sovH ERRsigsovH sovE ERRsigsovE sovL ERRsigsovL BAD ERRsigBAD info ERRsiginfo corrH ERRsigcorrH corrE ERRsigcorrE corrL ERRsigcorrL class ERRsigclass contDH ERRsigcontDH contDE ERRsigcontDE
common 624dssp1PHD72.9+/-2.062.5+/-7.865.9+/-7.645.0+/-8.044.4+/-8.567.4+/-4.075.2+/-4.371.2+/-3.279.4+/-5.076.4+/-5.063.4+/-4.65.4+/-1.90.33+/-0.040.67+/-0.060.70+/-0.060.52+/-0.0487.5+/-6.910.2+/-1.99.8+/-1.9
PHDpsi73.9+/-2.063.6+/-8.065.6+/-7.845.1+/-8.145.1+/-8.867.5+/-4.076.0+/-4.371.9+/-3.379.1+/-5.179.0+/-4.864.0+/-4.64.9+/-1.90.34+/-0.030.67+/-0.060.70+/-0.060.52+/-0.0487.5+/-6.99.9+/-2.09.0+/-2.0
PROFsec75.5+/-2.263.1+/-8.064.2+/-8.347.2+/-9.642.9+/-9.268.8+/-3.475.1+/-3.974.2+/-3.281.4+/-4.879.8+/-5.365.1+/-4.04.0+/-1.50.34+/-0.030.68+/-0.050.71+/-0.060.53+/-0.0491.7+/-5.89.4+/-2.06.6+/-1.6
PSIpred75.5+/-2.266.8+/-8.363.5+/-8.241.6+/-9.442.6+/-10.068.6+/-3.776.5+/-3.372.5+/-3.182.8+/-4.475.8+/-6.264.2+/-4.33.9+/-1.70.33+/-0.040.69+/-0.050.72+/-0.060.53+/-0.0487.5+/-6.99.6+/-2.65.9+/-1.8

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