Centro Nacional de Biotecnología
Alto rendimiento con Xserve
El trabajo cotidiano requiere de las mejores herramientas, así
que indagamos acerca de cuáles son las preferidas de este grupo
de investigadores. Tradicionalmente han utilizado máquinas UNIX,
aunque últimamente han pasado muchas tareas a GNU/Linux por su
solidez y precio.
Desde que hace unos años apareció el sistema Mac OS X, están además
incorporando muchos Mac porque les permiten tener en la misma
máquina un sistema UNIX muy potente y a la vez todos los
programas comunes que ofrece un Windows: «Un paquete como Office es también
muy importante para los científicos porque tenemos que escribir
muchos informes, preparar presentaciones con nuestros resultados...
Por otra parte, la relación de la comunidad científica
con Macintosh es grande, por lo que muchos programas que nosotros
usamos, que son además desarrollos muy específicos,
están disponibles en Macintosh. La razón que
terminó de convencernos para comprar la granja de Xserve fue el precio, porque
prácticamente fue la mejor oferta que recibimos». Otro de
los grandes éxitos de Apple en este grupo han sido los
portátiles. Cada vez hay más peticiones porque ahorran
espacio, sirven para llevarlos a las presentaciones y, además,
permiten seguir desarrollando, tener un Apache corriendo, hacer
prototipos de los servidores.
Las dos últimas máquinas que han comprado se utilizan
como estaciones de trabajo, aquí se prototipan programas, se
hacen pequeños análisis y cuando todo está
desarrollado y bien caracterizado se mudan al servidor: «La
verdad es que tienen un diseño muy cómodo, son de las
pocas máquinas disponibles con 64 bits y el precio es muy
competitivo». En cuanto a las máquinas de sobremesa, las
están empezando a utilizar ahora y afirman que están
funcionando muy bien porque tienen todo el entorno de desarrollo que
más emplean, como C, Pearl, Java, más todo lo
demás, como correo, Internet y aplicaciones de oficina.
“Incluso los compañeros más reacios a utilizar Apple reconocen que los Xserve van más rápido que ninguna otra máquina que hayamos probado. De hecho, compramos 8 para probar y, después de apenas seis meses, ya hemos decidido comprar otros cuatro.”
Con lo que sí han quedado especialmente sorprendidos es con lo eficientes que han resultado ser, como dice Ildefonso: «Incluso los compañeros más reacios a utilizar Apple reconocen que los Xserve van más rápido que ninguna otra máquina que hayamos probado. De hecho, compramos 8 para probar y, después de apenas seis meses, ya hemos decidido comprar otros cuatro».
También es cierto que por parte del fabricante no han tenido
mucho soporte: «Este es un segmento relativamente nuevo, por eso
en cuanto te quieres salir de ahí, los usuarios adelantamos
problemas; probablemente en Apple ni siquiera habían imaginado
que sus máquinas pudieran utilizarse para ciertas cosas».
En cualquier caso la prueba de que están muy satisfechos es que
han decidido invertir más en servidores G5 y en estaciones de trabajo.
Además, la compensación es que son mucho más
fáciles de instalar y configurar, y que cada vez hay más
aplicaciones diseñadas para Macintosh, que se personalizan y
compilan de modo más sencillo que antes con Linux. El
entrevistado se explica con más detalle: «Antes
sabías que alguien hacía un programa interesante, pero
descubrías que en tu Linux no corría porque tus
librerías no eran las buenas, te tirabas tres días
compilando y configurando las variables de entorno, y al final no
entendías por qué no funcionaba...» El trabajo de
estandarización de Apple está siendo notable, y se
aprecia sobre todo al disfrutar instalando con 3 clics.
El momento ha llegado en que también el PDG está
aportando parte de su software a la plataforma Macintosh y a la
comunidad. Y también los resultados son fantásticos,
puesto que lo que antes era muy costoso de correr en tiempo de
computación, ahora pueden ejecutarlo en la granja muy
rápido con un pequeño esfuerzo de adaptación de
las aplicaciones. Algunas de ellas son desarrollos propios, mientras
que otras son creaciones de la comunidad que se han convertido en
estándares en esta disciplina, como BLAST y HAMMER. Acerca de
éstas merece la pena decir que han sido optimizadas para Mac:
«Cuando instalas la versión estándar va muy bien,
pero cuando instalas la optimizada para el PowerPC
G5 ves que son superrápidas, mucho más rápidas
que en cualquier PC comparable». Sin duda esto viene de perlas en
un grupo donde casi todas las aplicaciones son muy exigentes con los
procesadores. Algunas se han convertido ya en estrellas mundiales, como
iHop,
uno de los desarrollos internos del PDG, obra de Robert Hoffmann. Se
trata de un programa que escanea 12 millones de artículos
científicos y localiza nombres de proteínas. Lo
más importante del software es el algoritmo de Robert, muy
complejo porque hay que localizar cada gen, reconocer sus numerosos
sinónimos, identificarlos con precisión y establecer
relaciones entre ellos basándose en la literatura; los
resultados se pueden representar de forma gráfica y
también comparar con otros datos experimentales.
La última versión se ha albergado en la granja de Apple,
donde la aplicación pasó de actualizarse en una semana a
hacerlo en 16 horas. Es para estar orgullosos, ya que las
últimas estadísticas indican que ha tenido unas 80.000
entradas mensuales, la prueba de que está siendo muy útil
a la comunidad.
“Cuando instalas la versión estándar va muy bien, pero cuando instalas la optimizada para el PowerPC G5 ves que son superrápidas, mucho más rápidas que en cualquier PC comparable.”
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