Bioinformatics Unit   -   CNIO
	Práctica de clustering para datos de DNA arrays

4.1 Repetir el siguiente ejemplo

Si se dispone de datos propios, se pueden cargar directamente en el servidor: Sotarray Server     [demo]

1^a Parte:
Abrir la página de data sets pulsando aquí: DNA-arrays: Public Data Sets     [demo]

Seleccionar el experimento de Diauxic shift:

Diauxic Shift Data Set     [demo]

(Opcional)     Se pueden comprobar el contenido de los distintos archivos e ir siguiendo los sucesivos tratamientos que han sufrido los datos

Elegir uno de los archivos (data_norm.txt, por ejemplo) y mandarlo directamente al servidor pulsando en:

sota/cluster     [demo]

Seleccionar el servidor del Sota para DNA-arrays:

Send To Sotarray

[demo]

Seleccionar la opción Unrestricted Grow.

Pulsar el botón Run.

[demo]

Observar el resultado y mandarlo al TreView para visualizar el árbol:

Send To TreeView

[demo]

Aceptar los parámetros por defecto y pulsar Run

[demo]

Volver hacia atrás pulsando en:

Change Parameters

Quitar la marca de la casilla Gene Names y cambiar a 1 el valor de Vertical Separation

Pulsar otra vez Run.

[demo]

---

2^a Parte:
Cerrar la ventana del árbol y volver a la del resultado del Sotarray

[demo]

Pulsar en Change Parameters para modificar los parámetros:

Change Parameters

[demo]

Seleccionar la opción Variablity Threshold (%) y poner el valor de 90 (por defecto).

Volver a pulsar el botón Run.

[demo]

Observar el resultado y mandarlo tanto al TreeView como al SotaTree para visualizar el árbol:

Send To SotaTree [demo]

Send To TreeView [demo]

Comentar los resultados

4.2 Probar con distintos métodos de clustering

4.2.1 Clustering aglomerativo

Si se dispone de datos propios, se pueden cargar directamente en el servidor: Cluster Server     [demo]

Desde la página de data sets, elegir uno de los experimentos.

Elegir uno de los archivos y cargarlo directamente al servidor pulsando en:

Mandarlo al Cluster:

Send To Cluster [demo]

Aceptar los valores por defecto (UPGMA y correlation) y pulsar Run

Mandar el resultado al TreeView para visualizarlo:

Send To TreeView [demo]

Quitar la opción de Gene Names cambiar el valor de Vertical Separation a 1 y pulsar Run

4.2.2 Self-Organizing Maps

Si se dispone de datos propios, se pueden cargar directamente en el servidor: SOM Server     [demo]

Desde la página de data sets, elegir uno de los experimentos.

Elegir uno de los archivos y cargarlo directamente al servidor pulsando en:

Mandarlo al SOM:

Send To SOM [demo]

Aceptar los valores por defecto y pulsar Run

4.3 Probar con más ejemplos

Abrir la página de data sets pulsando aquí:

Si se dispone de datos propios, se pueden cargar directamente en el servidor:

4.4 Analizar a mano un cluster

Si todavía queda tiempo, elegir un cluster de los obtenidos anteriormente, que contenga entre 5 y 10 genes más o menos y buscar información sobre la función de cada gen.

Se puede encontrar mucha información en la base de datos Swiss-Prot:

Intentar asignar una función global al cluster.