¿Esta cristalizada o se parece a alguna cristalizada?.
Se ve que no hay ningún hit de BLAST con puntuación apreciable
=> No se parece a ninguna proteina cristalizada lo suficiente para hacer
un modelo por homología.
Resultado de BLAST contra PDB
Información relacionada con estructura en la base de datos.
Fichero SwissProt
En este caso, swissprot contiene información sobre el centro
activo de la proteina (unión de piridina).
Resultados programas Threading
TOPITS (+PHD: str. secundaria)
Threader2
Comparación de plegamientos predichos
Varios de los folds propuestos por los programas de threading
coinciden.
Fichero FSSP
Threading en la estructura de 2cnd y mapeo de los
datos conocidos
Por la predicción de estructura secundaria se veia que podía
haber dos dominios, uno todo beta y otro alfa-beta alternantes. El centro
activo (unión de piridina; color verde en el dibujo) de la proteina
cae en un buen lugar en el modelo propuesto, en el mismo lugar que el de
la proteina molde (2cnd).
Alineamiento secuencia estructura (texto)
Representación gráfica
Mapeo en la estructura 3D de 2cnd
Ficheros para visualizar el modelo en RasMol
Comparación entre la estructura
real y la predicha por threading
Una vez resuelta la estructura, esta es la comparación estructural
entre ella y el fold propuesto por threading (2cnd).
