Programas.

• 1.- El primer paso consiste en comprobar  no existe una proteína homóloga de estructura conocida; es decir,  que no se puede aplicar la aproximación de "diseño por homología". Para responder esta pregunta, el primer método a utilizar es una búsqueda, utilizando BLAST, contra la base de datos PDB.

 
• 2.- Estudiar las caracteristicas estructurales de la proteína, puede ayudar a discriminar entre modelos de threading: Características 1D.
   
• 3.- Algunos programas de threading.:

 
• Links a métodos que se pueden usar a través de la WWW:

 
• 3D-pssm (ICNET). Based on sequence profiles, solvatation potentials and secondary structure.
• TOPITS (PredictProtein server) (EMBL). Based on coincidence of secondary structure and accesibility.
• UCLA-DOE Structure Prediction Server (UCLA). Executes various threading programs and report a consensus.
• 123D+. Combines substitution matrix, secondary structure prediction, and contact capacity potentials.
• SAM/HMM (UCSC). Basen on Markov models of alignments of crystalized proteins.
• FAS (Burnham Institute). Based on profile-profile matching algorithms of the query sequence with sequences from clustered PDB database.
• PSIPRED-GenThreader (Brunel)
• FUGUE: Profile library search against the HOMSTRAD homologous structure alignment database (Cambridge Univ.)
 
• Métodos cuyos ejecutables o códigos están disponibles:
 
• THREADER2(Brunel). Based on solvatation potentials and contacts obtained from crystalized proteins.
• ProFIT CAME (Salzburg).

 
• 4.- Clasificación y comparación de estructuras tridimensionales: 3D STRUCTURE DATABASES

 
• 5.- Un buen programa para la visualización y combinación de resultados de Threading: Threadlize.

 

Ejemplos ya hechos:

• Flavin reductasa.

TTLSCKVTSVEAITDTVYRVRIVPDAAFSFRAGQYLMVVMDERDKRPFSMASTPDEKGFI
ELHIGASEINLYAKAVMDRILKDHQIVVDIPHGEAWLRDDEERPMILIAGGTGFSYARSI
LLTALARNPNRDITIYWGGREEQHLYDLCELEALSLKHPGLQVVPVVEQPEAGWRGRTGT
VLTAVLQDHGTLAEHDIYIAGRFEMAKIARDLFCSERNAREDRLFGDAFAFI

Resultados.
 
 
• Polyribonucleotide nucleotidyltransferase (84aa):

AEIEVGRVYT GKVTRIVDFG AFVAIGGGKE GLVHISQIAD KRVEKVTDYL
QMGQEVPVKV LEVDRQGRIR LSIKEATEQS QPAA

Resultados.

Casos para hacer:

RLSWYDPDFQARLTRSNSKCQGQLEV YLKDGWHMVC
SQSWGRSSKQWEDPSQASKVCQRLNCGVPLSLGPFLV
TYTPQSSIICYGQLGSFSNCSHSRNDMCHSLGLTCLE
(results from some threading servers)

Grupo A

Protein 2.

MSEQEPSSADLAAREAEEKQRKAAEEAEQATLPYKWTQTIRDVDVT
IPVSANLKGRDLDVVLKKDSIKVKVKGENGEVFIDGQFPHPIKPSE
SSWTLETTSKPPGKEVSIHLDKVNQMEWWAHVVTTAPKIDVSKITP
ENSSLSDLDGETRAMVEKMMYDQRQKEMGAPTSDEQRKMDILKKFQ
KEHPEMDFSNAKIG
(results from 3D-pssm threading server)
(results from SAM-T99 threading server)

Protein 3.

MPVEKDLKTAYKALYDEKEPLKALHLYDEILKGSPTNLTALIFKAACLEK
LYFGFSDWHSDATMENAKELLDKALMTAEGRGDRSKIGLVNFRYFVHFFN
IKDYELAQSYFKKAKNLGYVDDTLPLWEDRLETKLNKKNKKQKDSTNKHT
IKPVESIENRGDNNSSHSPISPLKIETAPQESPKFKIDWYQSSTSVTISL
FTVNLPESKEQVNIYISPNDRRTLSISYQVPKSGSEFQYNAKLSHEVDPK
AVSLKIFPKKLEITLSKIDSTQWKKLEEDILTESSRLSDEGKNSDSATRL
LSAETASKERLSYPSSSKKKIDWSKLDIDEEADEEAGSADSFFQKLYAGA
DPDTKRAMMKSFIESNGTALSTDWEDVSKGTVKTSPPEGMEPKHW
(results from 3D-pssm threading server)
(results from SAM-T99 threading server)

Protein 4.

MSVRHDWYQSETKVVITVLLKNAVDKNYAVEITQKRVHMTADGYELDLKLLHPIVVERSS
YKAFSTKVEITLAKETGIRWENLEEAIVAAPVKPKAKNWDQLVSEEEKIDEKEAKGEAAL
TNLFKKIYSSSSPEVQKAMNKSFSESGGTVLSTNWNEVGKERVTVKPPNGTEFREWEK
(results from 3D-pssm threading server)
(results from SAM-T99 threading server)

Grupo B

Protein 5.
NSGSSRRSMQMNSRDEPEKTFKVAMPDNAYSTVYLRDAMS
VEEFLASACARRNLNPMEHFVRVKKRRDMEDHNYFVPHRN
DLIENYLHNHEFVEVC
(results from 3D-pssm threading server)
(results from SAM-T99 threading server)

Protein 6.

ALPQGQDVIRVISTGGVTKVVKIAECNTCEEVMRVTLRKF
GLREDHERNYCFWVLAGVDPDPNCQRRLGDTELWRVIKDH
TRPERNRLILRRVPSGEPGK
(results from 3D-pssm threading server)
(results from SAM-T99 threading server)

Protein 7.

MSSGYSSLEEDEDFFFTARTSFFRRAPPGKSRSGQPDVEK
EKETHNYLSKEEIKEKVHKYNSAVTDKLKMTLNSNGIYTG
FIKVQMELCKPAQPSPEPSSGGCMNTLHISSTNTVGEVIE
ALLRKFLVTESPTKFALYKRCHREDQVYACKLSDREHPLY
LRLVAGPRTDTLSFVLREHEIGEWEAFSLPELQNFLRILD
KEEDEQLQSLKRRYTAYRQKLEEALGEVWKPG
(results from 3D-pssm threading server)
(results from SAM-T99 threading server)