Práctica: Sequence Retrieval System 1

Manuel J. Gómez, CNB

Objetivo: introducción a la búsqueda de información y al uso de aplicaciones mediante SRS.

Busqueda de secuencias y uso de aplicaciones.

• Conectarse al servidor de SRS del EBI (http://srs.ebi.ac.uk/)
• Seleccionar Start a temporary project.
• Seleccionar la base de datos EMBL. Para obtener una descripción de cada una de las bases de datos, pulsar sobre su nombre.
• Seleccionar  Query forms: Standard.
• Es posible escoger los campos de búsqueda. De momento, dejar All text.
• Introducir la palabra rhizobium
• Pulsar Submit query.
• Se han encontrado 15231 entradas.
• Seleccionar una de ellas en la columna EMBL (por ejemplo, BU946724) .
• Se accede a la entrada en formato EMBL.
• Volver a la página anterior.
• Seleccionar la misma entrada, en la columna Accession,.
• Se obtiene información sobre las versiones sucesivas del fichero.
• Volver a la página anterior.
• Seleccionar unas cuantas secuencias, pinchando en las casillas de la izquierda (por ejemplo, las primeras cuatro).
• Seleccionar FastaSeqs en le menú View de la izquierda. y pulsar View.
• Obtenemos un documento con las cuatro secuencias en formato FASTA. Pueden ser salvadas con un boton que hay a la izquierda.
• Pulsar el boton Aplications.
• Abrir el menu Alignment applications (pulsando sobre el símbolo "+").
• Abrir el menú Alignment multiple.
• Seleccionar NClustalW
• Aparece la entrada al programa NClustalW con las cuatro secuencias seleccionadas, cada una en una ventana. Darle nombre al proceso que vamos a ejecutar (en la casilla de arriba: Name of job), dejar los parametros con los valores por defecto y pulsar Launch.
• Se nos informa de que el alineamiento se ejecuta en modo batch. Pulsando en el enlace a Batch job status, sabremos si el proceso está aún en marcha o si ha acabado yá. Podemos lanzar varios procesos seguidos. Cuando aparece una marca estilo "v" es que ha acabado.
• Seleccionar el trabajo que queremos visualizar (en la casillas de la izquierda).
• Seleccionar a la izquierda Complete entries, en el menú desplegable, y pulsar View, para visualizar el alineamiento múltiple.
• Si se quiere volver a hacer una búsqueda en la misma base de datos, pulsar en la pestaña Query.
• Pulsando en la pestaña Projects, se podrá visualizar un índice de las queries que se han ido haciendo en esta sesión (temprary project). Si en vez de abrir la sesion como un Temporary project, se hubiera abierto como un Permanent project, las queries y los resultados se guardarian de una sesión a otra.
• Pulsando en la pestaña Results, obtenemos el mismo índice de búsquedas que en Projects, pero desde aquí se pueden combinar las búsquedas, volver a acceder a los resultados obtenidos anteriormente y salvarlos.
• Volver a TopPage, para hacer una búsqueda en otra base de datos.
• Seleccionar Swissprot.
• Pulsar Query forms: Standard.
• Seleccionar Creation Date e introducir 01-Jan-2003:21-Mar-2003.
• Submit Query
• Obtenemos las entradas que han sido intrtoducidas en Swissprot en lo que va de año (21133).
• Seleccionar una (la primera, por ejemplo, y lanzar BlastP, para encontrar secuencias parecidas.
• Cuando el trabajo en modo Batch haya acabado, recuperaremos las secuencias que se han identificado

Algunas preguntas para practicar

• ¿Hay patentada alguna secuencia de sanguijuela? ¿Y de alguna araña?
• ¿Cuantas secuencias hay depositadas por F.M.Ausubel, en la base de datos del EMBL, que pertenezcan al organismo Rhizobium?
• Busca todas las secuencias de proteínas de Bacillus subtilis, que puedan tenet relacion con union a penicilina (penicillin) y que sean menores de 300 aminoacidos, y haz un alineamiento múltiple.
• ¿Cuando fué depositada la secuencia del HIV-1 por Gallo en la base de datos de nucleótidos?
• ¿Cuantas secuencias fueron depositadas en SwissProt en el año 1993?
• ¿Qué entrada existe en la base de datos del EMBL, que hace referencia a Fidel Castro y a uno de sus puros (cigars)?