BASES DE DATOS EN BIOLOGIA MOLECULAR

Enlaces a una selección de Bases de Datos, agrupadas por áreas

Presentaciones

• Introducción a las Bases de Datos en Biología Molecular y un ejemplo: GenBank
• Bases de datos en Biología Molecular y acceso con SRS
• El servidor del NCBI y la interfaz de acceso ENTREZ.

Prácticas

• Sequence Retrieval System 1
• Sequence Retrieval System 2
• Acceso a GenBank y EMBL a traves de Internet y FTP
• El servidor del NCBI y Entrez
• Entrez, segunda parte

Principales Bases  de Datos

• SRS6, interfaz de acceso a múltiples bases de datos, instalado en el EBI.
• EBI databases, acceso a la base de datos EMBL, otras bases de datos y herramientas.
• NCBI, Nacional Center for Biotechnology Information, acceso a GenBank, otras bases de datos  (a través del interface  Entrez) y herramientas.
• KEGG, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
• Expasy, servidor para acceder a SwissProt y TrEMBL
• PFam, en el Sanger Center,  familias de proteínas definidas mediante HMMs.
• Prosite, base de datos de motivos de proteínas, en Expasy.
• PDB, base de datos de estructuras de proteínas.
• SCOP, Structural classification of proteins.
• CATH,  clasificación jerárquica de estructuras de proteínas.
• Gene Ontology Consortium, ontología de terminos en Biología Molecular.
• PubMed, base de datos bibliográfica, en el NCBI.

Enlaces a listas de Bases de Datos

• Red Temática del CSIC sobre Bioinformática: Bases de Datos
• Deambulum Databank Index
• Molecular Biology Database Collection, NAR 2003
• Weizmann Institute, Genome and Bioinformatics: Molecular Biology Databases on the Internet

Información adicional

• SRS
• SRS: sitios de acceso, bases de datos conectadas y herramientas disponibles.
• Guia de usuarios de SRS (pdf)
• Guia de usuarios de SRS (enlace)
• SwissProt
• SwissProt Documentation
• SwissProt Users Manual
• NCBI y Entrez
• The NCBI Handbook. Una colección de capítulos en formato PDF sobre las bases de datos y servicios del NCBI.
• Guia de recursos del NCBI (enlace)
• Bases de datos
• ENSEMBL overview (pdf)
• François Bry, Peer Kröger (2003),A Computational Biology Database Digest: Data, Data Analysis, and Data Management. Distributed and Parallel Databases 13 (1): 7-42 (pdf).