Practica de Análisis de Secuencias

Paso 1 Extraccion de la Secuencia de algun Gen DOF de Arabidopsis con SRS

• Abrir SRS (en EMBL) y cliquear en START para empezar la sesion.
• Seleccionar la Base de Datos SPTREMBL y continuar.
• Escribir dof en una de las cajitas AllText y en otra cajita seleccionamos Organismo y ponemos Arabidopsis y A Buscar(Do Query).
• Cliquear en cualquiera de las 11 entradas resultantes (Entrada ejemplo)
• Grabar esta secuencia como Texto

Paso 2 Busquedas Blast con Dof

• Conectar con la Pagina Web de Busquedas Blast (en EMBL )
• Echarle un vistazo a la pagina y a las diferentes ayudas.
• Introducir la Secuencia proteica de Dof en el campo de texto
• Seleccionar la base de datos nrdb
• Cambiar el numero de Descripciones y Alinemientos : Ponerlo a 100
• Podriais enviar la Busqueda cliqueando al Botoncito Submit Query , pero para no saturar el servidor y para ahorrar tiempo, los resutados estan Aqui
• Analisis de Resultados.
  Echadle un vistazo a las secuencias encontradas (estan lincadas a SRS) y a los diferentes campos de los resultados blast.
  En este caso el grafico de rallitas es muy informativo, que significa?.
  La secuencia Query ha sido filtrada (algunas residuos han sido sustituidos por X automaticamente), por que?
  
• Cliquear en Get the selected sequences para cojer las secuencias homologas a Dof.
  Grabar estas secuencias como Texto (Por si hay algun problema en la conexion, Podeis Tomar las secuencias Aqui

Paso 3 Alineamiento de las Proteinas Dof con ClustalW

• Abrir el servidor ClustalW (en EBI)
  Echarle un vistazo a las diferentes Ayudas y Parametros .
• Introducir las Secuencias Dof obtenidas del blast anterior.
  (Mejor cliquear a Browse)
• De igual forma que antes, podriamos Cliquear en RUN CLUSTALW, pero para no saturar el servidor del ClustalW, podemos ver los resultados Aqui
• Analisis del Alineamiento
Que podemos decir de las Proteinas Dof?
Se podia prever este resultado a partir de los Resultados Blast? (la pista es el campo de rallitas).

• Visualizar los alineamientos con buenos programas, nos facilitara el analisis. Un par de ejemplos de Visores de Alineamientos son:
  
  • Mview
  • Belvu
  • Belvu (C,G y P)

Paso 4 Analisis de la Secuencia Dof con Prosite

• Abrir el servidor Prosite (en ISREC)
  
• Seleccionad Prosite profiles (NScore) y Prosite patterns (no score)
  
• Introducir una de las Secuencias Dof en el campo de texto
  
• Cliquear en Run ProfileScan
• Analisis de Resultados

Veis algo en claro?

Paso 5 Analisis Pfam de la Secuencia Dof (hidden Markov models)

• Abrir el servidor de Pfam (en Sanger Center)
  Echadle un vistazo a las Diferentes formas de buscar en esta base de datos de Alineamientos.
  
• Cliquear en PROTEIN SEARCH.
• Introducir la Secuencia Dof correspondiente a la zona conservada en la familia, en el campo de texto mayor.
  Por ejemplo:
  
  LKCPRCDSPNTKFCYYNNYNLSQPRHFCKSCRRY
  WTKGGALRNVPVGGG SRKNATKRSTSSSSSAS
  
  
• Cambiar E-value cutoff level: a un valor de 100
  Esto hara que la busqueda sea mas permisiva.
• Al igual que antes, podriamos Cliquear en Search Pfam, pero para no saturar el servidor y ahorrar tiempo, podemos ver los resultados Aqui
• Analisis de los Resultados Pfam
  Que podemos decir de las Familias que aparecen en la busqueda Pfam?
  Cliquear en los Dominios mas Interesantes(Son Factores de Transcripcion):
  
  • TFIIS
    
  • GATA
    
• Campos Pfam
  
  • Enlaces a PROSITE (el SRS-UK suele ser mas rapido)
  • Alineamientos (Mejor seleccionar el completo - Full)
  • Organizacion de Dominios (Mejor seleccionar el semilla - seed)
    Que podemos decir de la organizacion de Dominios de la familia GATA?
    
  • Echadle tambien un vistazo a la distribucion en Especies - Species Distribution

AA         LKCPRCDSPNTKFCYYNNYNLSQPRHFCKSCRRYWTKGGALRNVPVGGGSRKN..ATKRSTSS
PHD_sec                EEEE        HHHHHHHHHEE    EEEE                    
Rel_sec    999999999995476449999997134423443114799465637999997699999998999
SUB_sec    LLLLLLLLLLLL.EE..LLLLLLL............LLL.EEE.LLLLLLLLLLLLLLLLLLL